100系スペーシアについては、2011年度に客室内と外装のリニューアルが順次実施され、外装のカラーリングについては東京スカイツリーのライティングカラーをイメージした「雅」基調・「粋」基調と、日光線ラインカラーである「サニーコーラルオレンジ」基調の3種類が、3編成ずつに施されました。
その後、2015年には「サニーコーラルオレンジ」基調の3編成のうち2編成は黄金色の日光詣特別カラーとなり、4種類のカラーリングを纏った9編成のスペーシアが活躍していました。
しかしながら2021年6月以降、100系就役30周年として順次登場時のカラーに戻されることが発表されました。但し、101Fだけは1720系DRCをイメージした復刻カラーが施されています。また、500系増備に伴う運用減から、104F・105Fが廃車されました。残った100系は、検査入場のタイミングでそれぞれ登場時カラーのジャスミンホワイト地にサニーコーラルオレンジとパープルルビーレッドの帯と窓廻りのブラック塗装に戻され、運用に就いています。
「粋」と「サニーコーラルオレンジ」基調の編成は一足先に消滅し、「雅」基調として最後まで残存していた107Fが2023年6月5日に検査入場しました。これで東京スカイツリーのライティングカラーをイメージしたスペーシアは、消滅することになります。
「雅」基調最後の営業運転となった、6月3日の107Fです。
